Respublikamızda Ədliyyə Nazirliyi Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin təsis edildiyi gün 28 may 1918-ci ildə yaradılmış, ədliyyə orqanları və məhkəmələrin fəaliyyəti ilə bağlı bir sıra qərarlar qəbul edilmiş, 1918-ci il noyabrın 22-də Ədliyyə Nazirliyinin əsasnaməsi təsdiq edilmişdir. Həmin dövrdə nazirlik tərəfindən bir sıra mühüm qanun layihələri, məhkəmə və istintaq fəaliyyəti, amnistiyanın elan edilməsi, vətəndaşlıq barədə, habelə ictimai və dövlət əhəmiyyətli digər layihələr hazırlanaraq parlamentin müzakirəsinə çıxarılmışdır. Həbsxana işinin demokratik norma və prinsiplərə uyğun qurulması məqsədilə 1919-cu ildə penitensiar xidmət Daxili İşlər Nazirliyinin tabeliyindən çıxarılaraq Ədliyyə Nazirliyinə verilmişdir.
Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti işğal edildikdən sonra inqilab komitəsinin 13 may 1920-ci il tarixli qərarı ilə Ədliyyə Nazirliyi ləğv edilmiş, Xalq Ədliyyə Komissarlığı yaradılaraq, onun səlahiyyətlərinə qanunvericilik layihələrinin hazırlanması, məhkəmə işçilərinin seçilməsi, təlimatlandırılması və onlara inzibati rəhbərlik edilməsi, qanunçuluğa ali nəzarət və istintaqın aparılması daxil edilmişdir. Lakin 1930-cu ildə bu komissarlıq ləğv edilərək onun funksiyaları prokurorluq, Ali Məhkəmə, Mərkəzi İcraiyyə Komitəsinə və digər orqanlara verilmişdir.
Naxçıvan Muxtar Respublikasında ilk ədliyyə orqanı 1924-cü il yanvarın 18-də yaradılmışdır. Həmin qurum Xalq Ədliyyə Komissarlığı adı ilə sovetlər birliyinin mahiyyətinə xas olan sturukturu ilə 1946-cı ilə qədər fəaliyyət göstərmişdir.
Ölkə ərazisində olduğu kimi muxtar respublikada da ədliyyə sistemi dəfələrlə ləğv edilmiş, yenidən yaradılmış və səlahiyyətləri başqa orqanlara həvalə edilmişdir. 1946-cı ildə Naxçıvan Ədliyyə Komissarlığı ləğv edilərək Ədliyyə Nazirliyi adlandırılmışdır. Lakin sabit fəaliyyət mexanizminə malik olmayan sovet ədliyyə sistemi yenə də tənəzzülə məruz qalaraq nazirlik 1956-cı ildə ləğv edilmiş, səlahiyyətləri digər orqanlara verilmişdir.
Ədliyyə sisteminin stabil  funksiya və struktura malik olmaması onun inkişafına ciddi əngəllər törətmişdir. Sovet hakimiyyəti dövründə ideologiya maraqları çərçivəsində dövlət strukturlarının yaradılması, hüquq siyasətinin dəfələrlə dəyişdirilməsi, ədliyyə və məhkəmə orqanlarının bir neçə dəfə ləğv edilməsi və yenidən yaradılması sabit ədalət mühakiməsi sisteminin formalaşmasına mane olurdu.
Ədliyyə Nazirliyinin yenidən yaradılması görkəmli dövlət xadimi, ümummilli liderimiz Heydər Əliyevin Azərbaycana rəhbərlik etdiyi dövrdə həyata keçirilmişdir. Belə ki, 27 oktyabr 1970-ci ildə Azərbaycan SSR Ali Sovetinin qərarı ilə Azərbaycan SSR Ədliyyə Nazirliyi, Azərbaycan Kommunist Partiyasının Naxçıvan Vilayət Komitəsinin 5 may 1971-ci il tarixli 6 nömrəli büro iclas protokolu ilə Naxçıvan  MSSR Ədliyyə Nazirliyi yenidən təsis olunmuşdur. Bununla da Azərbaycan ədliyyə tarixində yeni mərhələ başlanmışdır. Həmin dövrdə Ədliyyə Nazirliyi sabit fəaliyyət göstərərək məhkəmə orqanlarına təşkilati rəhbərliyi həyata keçirmiş, əhaliyə hüquqi yardımı yaxşılaşdırmış, notariat fəaliyyətinin və məhkəmə ekspertizalarının aparılmasını təmin etmişdir. Ümumilikdə ədliyyə işi təkmilləşdirilərək onun gələcək inkişafı üçün zəmin yaranmışdır.
1991-ci ildə Azərbaycan dövlət müstəqilliyi əldə etdikdən sonra bütün sahələrdə olduğu kimi ədliyyə sahəsində də müəyyən qədər çətinliklər yarandı. Lakin 1993-cü ildə ikinci dəfə siyasi hakimiyyətə gələn ulu öndər Heydər Əliyevin rəhbərliyi ilə ədliyyə sisteminin inkişafını təmin edən ardıcıl və məqsədyönlü islahatların həyata keçirilməsi nazirliyin səlahiyyətlərini genişləndirmiş, cəmiyyətdə rolunu artırmışdır.
Ulu öndərin ədliyyə sahəsinə göstərdiyi böyük qayğının təzahürü olaraq 11 noyabr 2000-ci il tarixdə imzaladığı Sərəncamla Ədliyyə Nazirliyinin ilk əsasnaməsinin təsdiq edildiyi gün 22 noyabr ədliyyə işçilərinin peşə bayramı günü kimi təsis edilmişdir.
Müstəqillik qazandıqdan sonra ölkəmizdə insan hüquqlarının əsl müdafiəsinə xidmət edən müstəqil məhkəmə hakimiyyətinin formalaşmasına xüsusi diqqət yetirilmiş, yeni 3 pilləli məhkəmə sistemi fəaliyyətə başlamışdır. Görülmüş tədbirlər nəticəsində ölkə ədliyyəsi beynəlxalq norma və prinsiplərə uyğun olan yeni inkişaf yoluna qədəm qoymuş, onun çoxşaxəli fəaliyyətinin tənzimlənməsi üçün onlarla normativ-hüquqi sənəd qəbul edilmişdir. Ulu öndər Heydər Əliyevin “Azərbaycan Respublikası Prezidentinin bəzi fərmanlarına dəyişikliklər və əlavələr edilməsi barədə” 2002-ci il 24 avqust tarixli Fərmanı ilə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ədliyyə Nazirliyinə notariat, vətəndaşlıq vəziyyəti aktlarının dövlət qeydiyyatı, məhkəmə icraçıları və məhkəmə nəzarətçiləri, cəzaların icrası, normativ aktların dövlət qeydiyyatı, müvafiq məhkəmələrin maliyyə, maddi-texniki təminatlarının həyata keçirilməsi və digər sahələr üzrə əlavə səlahiyyətlər verildi. Əlavə və dəyişikliklərə qədər nazirlik azsaylı ştat vahidi ilə fəaliyyət göstərirdisə, həmin fərmanın qəbulundan sonra nazirliyin mərkəzi aparatının yeni strukturu təsdiq edildi, yeni şöbə və bölmələr yaradıldı. Təkcə nazirliyin aparatının ştat sayı 3 dəfədən çox artırıldı.
Respublikamızda dövlət idarəçilik mexanizmlərinin səmərəli fəaliyyətini tənzimləyən qanunların qəbulu və təkmilləşdirilməsi davamlı prosesə çevrilmişdir. Bu istiqamətdə həyata keçirilən islahatlar, tətbiq olunan yeniliklər zamanın tələbləri ilə səsləşən, cəmiyyətin inkişafını, vətəndaş hüquq və azadlıqlarının təmini məsələlərini başlıca amil kimi götürmüşdür. Həyata keçirilən islahatlar çərçivəsində ədliyyə işinin müasir tələblər səviyyəsində qurulması üçün əsaslı tədbirlər görülmüş, Ədliyyə Nazirliyinin üzərinə mühüm vəzifələr qoyulmuşdur.
2006-cı ildə ölkə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin təşəbbüsü ilə ədliyyə orqanlarının fəaliyyəti ilə bağlı bir sıra mühüm sənədlər qəbul olunmuş, nazirliyə yeni vəzifələr həvalə edilmiş, strukturu təkmilləşdirilmişdir. Müstəqillik dövründə ilk dəfə olaraq dövlət başçısının 18 aprel 2006-cı il tarixli Fərmanı ilə Ədliyyə Nazirliyi haqqında əsasnamə təsdiq edilərək ona hüquq mühafizə orqanı statusu verilmiş, habelə "Ədliyyə orqanlarında qulluq keçmə haqqında" Azərbaycan Respublikasının 26 may 2006-cı il tarixli Qanunu qəbul olunmuş və ölkə Prezidenti tərəfindən "Ədliyyə orqanlarının inkişafı haqqında" 17 avqust 2006-cı il tarixli Fərman imzalanmışdır.
Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədri cənab Vasif Talıbovun ədliyyə sahəsinə diqqət və qayğısı nəticəsində ədliyyə orqanlarının müasirləşdirilməsi və inkişafı ilə bağlı mühüm qərarlar qəbul olunmuşdur. 25 aprel 2006-cı il tarixdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Sədri tərəfindən “Naxçıvan Muxtar Respublikası Ədliyyə Nazirliyi haqqında Əsasnamə” təsdiq edilmişdir. Əsasnamənin təsdiqi ilə nazirliyin fəaliyyət istiqamətləri müəyyən edilmiş, hüquq və vəzifələri müəyyənləşdirilmişdir.
2007-ci ildə nazirliyin tarixində ilk dəfə olaraq Penitensiar Xidmət yaradılmışdır. Xidmətin yaradılması muxtar respublikada cəza-icra siyasətinin həyata keçirilməsinə öz müsbət təsirini göstərmiş, müasir infrastrukturun yaradılması üzrə ardıcıl tədbirlər həyata keçirilmişdir. Məhkumların saxlanma şəraitinin beynəlxalq standartlara uyğunlaşdırılması və onların yaşayış yerlərinə yaxın ərazilərdə saxlanılması istiqamətində tədbirlər görülmüşdür. Qarışıq Rejimli Cəzaçəkmə Müəssisəsi, İstintaq Təcridxanası, 8 saylı Məntəqə Tipli Cəzaçəkmə Müəssisəsi tikilib istifadəyə verilmişdir. Qeyd olunmalıdır ki, Qarışıq Rejimli Cəzaçəkmə Müəssisəsi ölkəmizdə ilk dəfə olaraq muxtar respublikamızda istifadəyə verilmişdir. Müasir tələblərə cavab verən bu müəssisənin yaradılması insan hüquqlarının müdafiəsi sahəsində mühüm tədbir kimi xüsusi əhəmiyyətə malikdir.
Muxtar respublikada məhkumluq həyatı yaşayan insanların müxtəlif peşələr üzrə kurslara cəlbi və azadlığa buraxıldıqdan sonra öz peşələrinə uyğun işlə təmin olunması da diqqət mərkəzində saxlanılmışdır. 2016-cı ildə Penitensiar Xidmətin Qarışıq Rejimli Cəzaçəkmə Müəssisəsində yaradıcılıq və istehsalat binası istifadəyə verilmişdir.
Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi nazirliyin ekspertiza və elmi-tədqiqat fəaliyyəti ilə məşğul olan baş idarəsidir. Mərkəzin fəaliyyəti insan və vətəndaş hüquqlarınıın və azadlıqlarının qorunması, qanunçuluğun təmin edilməsi, ekspertlərin müstəqilliyi, elm və texnikanın müasir nailiyyətlərindən istifadə edilməklə həyata keçirilən tədqiqatların obyektivliyi, hərtərəfliyi və tamlığı prinsiplərinə əsaslanır. Muxtar respublikada ekspertiza işlərinin aparılması zamanı yaranan çətinliklərin aradan qaldırılması məqsədilə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 05 oktyabr 2005-ci il tarixli, 180 №-li qərarına əsasən Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzinin Naxçıvan Filialı yaradılmışdır. Naxçıvan Muxtar Respublikası Nazirlər Kabinetinin 03 iyul 2007-ci il tarixli, 56 saylı Qərarı ilə Filialın əsasnaməsi təsdiq edilmişdir. 06 iyul 2007-ci ildə Filialın inzibati binası istifadəyə verilmiş, lazımi avadanlıqlarla təmin edilmişdir.
22 oktyabr 2015-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin Fərmanı ilə filial əsasında Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi yaradılıb. Muxtar respublikanın mövcud coğrafi şəraiti nəzərə alınaraq ekspertizaların dəqiq tədqiq olunması, maddi sübutların Bakı şəhərinə göndərilmə çətinliyinin aradan qaldırılması, araşdırma operativliyinin təmin edilməsi məqsədilə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin qayğısı və təşəbbüsü ilə Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi fəaliyyətə başladı. Yarandığı gündən inkişafı və fəaliyyəti istiqamətində bütün zəruri tədbirlər görülməyə başlandı. İlk əvvəl 9 ekspertin iştirakı ilə 8 növ 11 ixtisas üzrə ekspertiza işi aparılırdı. Hazırda mərkəzdə 10 növ 18 ixtisas üzrə ekspertiza işi aparmaq olur, 7 ixtisas üzrə isə təkrar ekspertizanın keçirilməsi mümkündür. Bu ekspertizaların aparılması üçün mərkəzdə 15 ekspert fəaliyyət göstərir. Bu gün mərkəzdə ekspertizaların keçirilməsi üçün Avropa Məhkəmə Ekspertizaları Birliyinin yüksək standartlarına cavab verən müasir kriminalistik-texniki avadanlıqlar alınmış, mütəxəssislər dəvət olunaraq kurslar təşkil olunmuş və həmin kurslarda avadanlıqların işləmə prinsipi ekspertlər tərəfindən mənimsənilmişdir. Muxtar respublikanın məhkəmə və hüquq-mühafizə orqanlarından mərkəzə daxil olan işlərin sayı ilbəil artır. Daxil olan işlərin sayının artması ekspertiza işlərinin aparılmasına və vaxtında təhvil verilməsinə diqqəti artırmağa ehtiyac yaradır.
Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin 2018-ci il 18 may tarixli Fərmanı ilə nazirliyin strukturunda dəyişiklik edilmişdir. Buna uyğun olaraq Nazirlər Kabinetinin 2018-ci il 19 may tarixli Qərarı ilə nazirliyin yerli qurumlarının formalaşdırılması aparılıb, şöbə və bölmələr yaradılıb, dövlət notariat kontorlarının əsasında 6 xüsusi notarius təsis edilib, ekspertlərin sayı artırılıb, şəxsi heyətin rütbə təsnifatı müəyyənləşib.
Bu gün ədliyyə sahəsində dövlət siyasətini və idarəetməni həyata keçirən nazirlik əhalinin hüquqi maarifləndirilməsində iştirak edir, qeyri-kommersiya hüquqi şəxslərin dövlət qeydiyyatına və dövlət reyestrinə, penitensiar sistemə, notariat orqanlarının və qeydiyyat orqanlarının fəaliyyətinə rəhbərlik edir, məhkəmələrin və digər orqanların qərarlarının icrasını, məhkəmələrin fəaliyyətinin təşkilati təminatını, məhkəmə statistikasının aparılmasını, bələdiyyələrə metodoloji yardım və inzibati nəzarəti, məhkəmə ekspertizalarının keçirilməsini və digər vəzifələri təmin edir.